Le drapeau pontifical ou drapeau de la Cité du Vatican est constitué d'un drap bipartite jaune (vers la hampe) et blanc, portant au centre de la partie blanche les Clés décussées surmontées du Trirègne ; la hampe est surmontée d'une lance ornée d'une cocarde aux mêmes couleurs que le drapeau et frangée d'or.
Autrefois, le drapeau de l'État pontifical était jaune et rouge (ou plutôt amarante et rouge, couleurs dérivées de celles des armoiries du Saint-Siège), les deux couleurs traditionnelles du Sénat et du Peuple romain, qui furent toutefois remplacées par le blanc et le jaune en 1808, lorsque Pie VII ordonna à sa Garde noble et aux autres Corps armés pontificaux restés fidèles d'adopter une nouvelle cocarde aux couleurs susmentionnées, pour les distinguer des troupes restantes incorporées à l'armée française et auxquelles le général Sestio A. F. Miollis avait accordé le droit d'utiliser leur ancienne cocarde.

Arboré pour la première fois par la marine marchande, c'est cependant à 1824 que remonte le plus ancien drapeau papal blanc et jaune, mais avec les couleurs placées en diagonale, ensuite faites disposer en deux bandes verticales par Pie IX qui, de retour d'exil à Gaète, y fit ajouter les armoiries papales à la place des cravates tricolores (blanc, rouge et vert) qui y avaient été placés en 1848. Ce n'est qu'après les Accords du Latran entre le Saint-Siège et l'Italie, le 11 février 1929, que le drapeau pontifical a pris sa forme actuelle, étant également considéré comme le drapeau d'un État étranger et donc protégé au même titre que tous les autres (article 299 du code pénal italien). Le drapeau moderne a été hissé pour la première fois le 8 juin 1929.

Il faut faire attention à ne pas confondre le drapeau pontifical avec l'Etendard de la Sainte Eglise Romaine, symbole de sa souveraineté spirituelle sur le monde entier. L'Etendard de la Sainte Église romaine était constitué d'un drap rouge, sur lequel était représenté initialement l'image de saint Pierre, parfois accompagnée de celle de saint Paul, des images qui furent ensuite remplacées par l'emblème des clés décussées surmontées d'une croix blanche, sur ordre d'Innocent III (1198-1216), qui expliqua également dans l'un de ses écrits la raison qui l'avait conduit à un tel changement. Sous le pontificat de Boniface VIII (1294-1303), l'Etendard de la Sainte Église romaine prit la forme qu'il a toujours conservée, c'est-à-dire une étoffe de soie vermillon, dont le fond était parsemé symétriquement de nombreuses étoiles à six branches brodées d'or et portant au centre les clés croisées symboliques, surmontées toutefois du conopeus ou sinnicchio (pavillon). Se terminant comme un fanion à deux pointes, chacune ornée d'un nœud d'or, le drap était attaché à une longue perche d'or, incurvée pour pouvoir la saisir, et surmontée d'une petite lance en métal, d'où pendaient des cordons d'or noués en forme de nœuds. L'étendard de la Sainte Église romaine ne suivait pas seulement le Pontife dans ses déplacements, l'accompagnant également lors des plus grandes solennités religieuses et civiles (procession de la Fête-Dieu, possessions pontificales, cavalcades solennelles, etc.), mais il était aussi déployé par les troupes au combat ; il fut par exemple présent lors des croisades, comme celle de Lépante.

Les deux mosaïques placées de part et d'autre de l'abside du Triclinium Leoninum (reconstruit en 1743) conservent la plus ancienne représentation de l'Etendard ; elles reproduisent fidèlement les mosaïques originales des VIIIe et IXe siècles : dans celle de gauche, « Jésus-Christ donne les clés au Pape saint Sylvestre et l'Etendard à Constantin » ; dans celle de droite, « saint Pierre donne le pallium à Léon III et l'Etendard à Charlemagne ». Il existe également plusieurs peintures où l'on peut voir l'Etendard dressé à côté du trône pontifical.

La garde de l'Etendard de la Sainte Église romaine était confiée, en temps de paix comme en temps de guerre, à une personne de haut rang, qui portait donc le nom et la fonction de « porte-étendard de la Sainte Eglise romaine », également appelé Gonfalonier de l'Eglise. La preuve de l'honorabilité de cette charge, peut-être la plus élevée que les Papes pouvaient accorder à un laïc, est qu'elle a été exercée plus d'une fois par des souverains, comme Jacques II le Juste (1264-1327), roi de Sardaigne et de Corse, qui la reçut de Boniface VIII ; Ladislas le Magnanime (1376-1414), roi de Naples et de Sicile et roi de Hongrie, qui la reçut d'Innocent VII. D'autres titulaires illustres de cette haute charge furent Louis, Dauphin de France, qui la reçut d'Eugène IV (1431-47) ; Francesco Gonzaga, Duc de Mantoue, à qui elle fut conférée par Jules II au début du XVIe siècle ; Odoardo Farnese, cinquième duc de Parme et de Plaisance, qui la reçut de Grégoire XV (1621-23), tandis qu'Urbain VIII (1623-44) l'accorda à son propre frère Carlo Barberini et, après la mort de ce dernier en 1630, à Torquato Conti, duc de Guadagnolo. Conférée par Innocent XI (1676-89) au marquis Giovanni Battista Naro avec droit de succession future à tous les fils aînés de la famille, la charge est finalement passée héréditairement aux Patrizi Montoro, suite à l'extinction dans leur famille des Naro, dont ils ajoutèrent également la lignée à la leur.

Confirmant l'importance de la dignité de Porte-étendard de la Sainte Église romaine, Clément XI (1700-21) décréta, au début de son pontificat, que le titulaire de celle-ci serait escorté lors des chevauchées solennelles par les deux Capitaines des chevau-légers, répondant à la protestation soulevée par ces derniers qu'en agissant ainsi on entendait honorer l'Etendard de la Sainte Église romaine et non son porteur. Lorsqu'en 1801 Pie VII, remplaçant la cavalerie qui avait été dissoute, institua le nouveau Corps de la Garde noble pontificale, le porteur de l'Etendard y entra en tant que Capitaine avec le grade de Lieutenant général, prenant place dans les cavalcades entre les deux Capitaines de la même garde, selon la tradition. La dernière attestation de la bienveillance papale à l'égard du Gonfalonier de la Sainte Eglise Romaine fut celle de Pie IX, qui ordonna que le titulaire de cette charge, qui arbore un insigne spécial sur lequel apparaît mot Vexillifer, qu'il porte autour du cou en guise de décoration, soit toujours compté parmi les Camériers secrets.