La Cité du Vatican au cours du temps
Le terme Vatican désignait jadis la zone marécageuse située sur la rive droite du Tibre, entre le Ponte Milvio et l'actuel Ponte Sisto.
Dans l'antiquité, pendant la période royale et tout au long de l'époque républicaine, le territoire était connu sous le nom d'Ager Vaticanus et s'étendait au nord jusqu'à l'embouchure du Crémère, et au sud au moins jusqu'au Janicule. A l'époque impériale, à partir du IIe siècle après J.-C., le toponyme Vaticanum est attesté, comprenant une zone correspondant à peu près à l'actuel État de la Cité du Vatican. A l'époque romaine, la zone, située en dehors de la ville de Rome, est bonifiée et occupée par des villas, par les jardins d'Agrippine – mère de l'empereur Caligula (37-41 ap. J.-C.) – et par de vastes nécropoles disposées le long des principales artères. Dans les jardins de sa mère, Caligula construisit un petit cirque pour l'entraînement des chars (Gaianum), rénové par la suite par Néron (54-68 ap. J.-C.), où, selon la tradition, Pierre souffrit le martyre lors de la grande persécution contre les chrétiens ordonnée par Néron en 64 ap. J.-C.
Le long de la Via Trionfale, qui part de la place Saint-Pierre vers le nord en direction de Monte Mario, plusieurs ensembles de tombes ont été fouillés, tandis que le long de la Via Cornelia, qui allait vers l'ouest, s'élevait la Nécropole dans laquelle se trouve également la tombe de l'apôtre Pierre. La présence de Pierre établit le point topographique le plus important de la zone qui, depuis lors et pendant deux millénaires, est devenu la destination du plus important des pèlerinages chrétiens : de nombreux croyants, animés par le désir de rester proches de saint Pierre, cherchaient à recevoir une sépulture à côté de lui. La Nécropole a été enterrée lors de la construction de la Basilique dédiée à l'apôtre, décidée par l'empereur Constantin (306-337 ap. J.-C.), qui a déterminé tout le développement ultérieur de la zone. Après avoir libéralisé le culte de la religion chrétienne par le célèbre édit de Milan en 313, l'empereur Constantin commença vers 324 la construction d'une grande église à cinq nefs, transept et abside terminale, au centre de laquelle se trouvait le tombeau de Pierre. Une volée de marches et un quadriportique, dans lequel les non-baptisés devaient s'arrêter, complétaient l'ensemble. Pendant ce temps, le cirque de Néron tombait progressivement en ruine, notamment parce que nombre de ses pierres étaient utilisées pour la construction de la nouvelle église qui, en peu de temps, devint un nouveau pôle d'attraction pour la ville. Et c'est précisément pour conserver et protéger la mémoire de Pierre que, quelques années plus tard, Léon IV (847-855) construira les premiers murs de la civitas qui en son honneur fut nommée « Leoniana » (Cité léonine) et qui constituera le noyau spirituel de la nouvelle Rome médiévale et de la Renaissance. Bien que les Papes résidaient alors dans le Palais du Latran, un certain nombre d'édifices ont été construits dans la zone entourant Saint-Pierre au cours du Moyen Age. C'est notamment sous Eugène III (1145-1153) et Innocent III (1198-1216) que fut construit le premier palais, agrandi par la suite entre la fin des années 1200 et le début des années 1300, et que les murs léonins furent rénovés. Mais à partir de 1309, le siège papal est transféré à Avignon ; Rome et la basilique Saint-Pierre restent alors abandonnées pendant plus d'un siècle. Il faudra attendre une cinquantaine d'années jusqu'en 1377, année du retour de la papauté à Rome, pour que la ville retrouve son lustre. Au milieu du XVe siècle, le problème d'une éventuelle reconstruction complète de la basilique Saint-Pierre est abordé pour la première fois.
Le Pape Nicolas V (1447-1455) fait établir par l'architecte Bernardo Rossellino un projet d'agrandissement de la Basilique, avec une nouvelle abside faisant saillie par rapport l'abside constantinienne : celui-ci ne sera que commencé car, quelques années plus tard, l'avancée des Turcs et la chute de Constantinople obligent à abandonner les travaux. Entre 1477 et 1480, le Pape Sixte IV (1471-1484) entreprend la construction d'une grande chapelle, qui fut appelée Sixtine pour rappeler son nom : décorée de fresques réalisées par les plus grands peintres italiens de l'époque, elle est inaugurée le 15 août 1483. De grands changements furent réalisées par le Pape Jules II (1503-1513), qui transforma radicalement la citadelle. Il entreprit de démolir la basilique constantinienne, commença les travaux de la nouvelle Basilique Saint-Pierre et construisit la célèbre Cour du Belvédère pour relier le petit palais du Belvédère de son prédécesseur Innocent VIII (1484-1492), au nord, au noyau des bâtiments médiévaux, au sud ; il appela également Raphaël et Michel-Ange à Rome pour peindre à fresque les appartements du Pape. D'autres travaux ont été réalisés au cours du même siècle : la basilique Saint-Pierre, qui après diverses vicissitudes a été conçue et commencée dans son noyau central par Michel-Ange au milieu du XVIe siècle, a été recouverte d'une grandiose coupole « voûtée » par Giacomo Della Porta. L'église fut ensuite agrandie par Carlo Maderno au début du XVIIe siècle, avec l'ajout de deux travées dans le bras longitudinal, et complétée par le Bernin, au milieu du XVIIe siècle, avec la grandiose place bordée de deux hémicycles de quadruples rangées de colonnes qui lui ont donné son aspect baroque actuel, reliant ce lieu de prière au reste de la ville.