Les Jardins sont le lieu de repos et de méditation du Pontife Romain depuis 1279, lorsque le Pape Nicolas III (Giovanni Gaetano Orsini, 1277-1280) déplaça la résidence papale du Latran au Vatican. A l'intérieur des nouveaux murs qu'il fit ériger pour défendre sa résidence, le Pape fit implanter un verger (pomerium), un pré (pratellum) et un véritable jardin (viridarium), comme le révèle également l'inscription gravée sur une plaque en pierre aujourd'hui conservée dans la Salle des Capitaines du Palais des Conservateurs, au Capitole. Ce premier noyau naquit près de la colline de Sant'Egidio, où se trouve aujourd'hui le Palais du Belvédère et les Cours des Musées du Vatican. L'endroit où l'on commence aujourd'hui la visite des Jardins du Vatican se trouve en revanche dans la partie la plus récente de l'Etat, dans laquelle furent réalisés les nouveaux grands Jardins qui, avec ceux du noyau d'origine, occupent environ la moitié des 44 hectares sur lesquels s'étend le Vatican.