Le pouvoir judiciaire selon la loi du 16 mars 2020 n. CCCLI et ses modifications successives a pour organes un Juge unique, un Tribunal, une Cour d'Appel et une Cour de Cassation qui exercent leurs attributions au nom du Souverain Pontife.

Les fonctions du procureur dans les trois degrés de jugement sont exercées par le Promoteur de Justice.

Les compétences respectives sont établies dans les Codes de procédure civile et de procédure pénale en vigueur dans l'Etat, ainsi que par le Motu Proprio sur la juridiction des organes judiciaires de l'Etat de la Cité du Vatican en matière pénale du 11 juillet 2013.

Dans la Loi fondamentale du 13 mai 2023, la fonction judiciaire est ainsi décrite :

« TITRE IV

LA FONCTION JUDICIAIRE

ARTICLE 21

1. La fonction judiciaire est exercée, au nom du Souverain Pontife, par les organes constitués conformément à l'ordonnancement juridique et par les autres organes auxquels la loi confère des compétences pour des matièes spécifiques.
2. Le Souverain Pontife peut, dans toute affaire civile ou pénale et à n'importe quel degré d'avancement de celle-ci, en déférer l'instruction et la décision à un organe déterminé, avec l'exclusion de tout autre recours.
3. Dans l'application de la loi, le juge s'inspire du principe d'équité, travaille au rétablissement de la justice et favorise la conciliation entre les parties. Dans les causes pénales, le juge inflige des sanctions en vue de la réhabilitation du coupable, de sa réinsertion et du rétablissement de l'ordre juridique violé.
4. Dans chaque procès est garantie l'impartialité du juge, le droit de la défense et le contradictoire entre les parties.

ARTICLE 22

Est réservée au Souverain Pontife la faculté d'accorder l'amnistie, l'indult, la remise de peine, la grâce de commuer les peines ».

Dans la Loi N. CCCLI sur l'ordonnancement juridique de l'Etat de la Cité du Vatican, du 16 mars 2020, le pouvoir judiciaire est ainsi présenté :

« DISPOSITIONS GENERALES

Article 1

(Le pouvoir judiciaire)

Le pouvoir judiciaire de l'Etat de la Cité du Vatican est exercé, au nom du Souverain Pontife, par les organes suivant

1. a) le tribunal;
2. b) la cour d'appel;
3. c) la cour de cassation.

Article 2

(Les magistrats)

1. Les magistrats dépendent hiérarchiquement du Souverain Pontife. Dans l'exercice de leurs fonctions, ces derniers ne sont sujets qu'à la loi.
2. Les magistrats exercent leurs pouvoirs avec impartialité, sur a base et dans les limites des compétences établies par la loi.
3. Les magistrats perdent la faculté d'exercer leur fonction exclusivement par volonté souveraine et pour les causes de cessation prévues par la présente loi ».

Dans la Lettre apostolique sous forme de Motu Proprio appportant des modifications aux normes pénales et à l'ordonnancement juridique du 12 avril 2023, certains articles de la Loi N. CCCLI ont été modifiés :

Dans la Loi du 16 mars 2020, n. CCCLI :

–  Dans l'art. 1, l’unique paragraphe est remplacé par le suivant :

«Le pouvoir judiciaire dans l'Etat de la Cité du Vatican est exercé, au nom du Souverain Pontife, en ce qui concerne les fonctions de jugement, par le tribunal, par la cour d'appel et par la cour de cassation ; en ce qui concerne les fonctions d'enquête et d'instruction, par le bureau du promoteur de justice. ».

–  Dans l'art. 2, les paragraphes 1, 2 et 3 sont remplacés par les suivants :

«1. Les magistrats sont nommés par le Souverain Pontife et dans l'exercice de leurs fonctions ne sont sujets qu'à la loi.

2. Les magistrats exercent leur pouvoir avec impartialité, sur la base et dans les limites des compétences établies par la loi ».