I Giardini sono il luogo di riposo e di meditazione del Romano Pontefice sin dal 1279, quando Papa Niccolò III (Giovanni Gaetano Orsini, 1277-1280) riportò la residenza papale dal Laterano al Vaticano. All'interno delle nuove mura, che fece erigere a difesa della sua residenza, il Papa fece impiantare un frutteto (pomerium), un prato (pratellum) e un vero e proprio giardino (viridarium), come si evince anche dall'epigrafe lapidea ora conservata nella Sala dei Capitani presso il Palazzo dei Conservatori in Campidoglio. Questo primo nucleo sorse nei pressi del colle di Sant'Egidio, dove oggi si trova il Palazzetto del Belvedere ed i Cortili dei Musei Vaticani. L'area da dove oggi inizia la visita ai Giardini Vaticani si trova invece nella parte più recente dello Stato, sulla quale furono realizzati i nuovi grandi Giardini che, assieme a quelli del nucleo originario, coprono la metà circa dei 44 ettari sui quali si estende il Vaticano.