La bandera papal o de la Ciudad del Vaticano consiste en un manto bipartito de color amarillo (hacia el asta) y blanco, decorado en el centro con las Llaves Decusadas, scoronadas por el Triregno; el asta está enfundada con una lanza adornada con una escarapela de los mismos colores que la bandera y orlada de oro.

Antiguamente, la bandera del Estado Pontificio era de color amarillo-rojo (o más bien amaranto y amarillo, colores derivados de los colores del escudo de la Santa Sede), los dos colores tradicionales del Senado y del Pueblo Romano, que sin embargo fueron sustituidos por el blanco y el amarillo en 1808, cuando Pío VII ordenó a su Guardia Noble y a los demás Cuerpos Armados Pontificios que habían permanecido fieles que adoptaran una nueva escarapela con los colores mencionados para distinguirse de las restantes tropas incorporadas al ejército francés y a las que el general Sestio A. F. Miollis había concedido el derecho a utilizar los mismos colores. F. Miollis les había permitido seguir utilizando su antigua escarapela.

Fue izada por primera vez por la Marina Mercante. Sin embargo, la bandera papal blanca y amarilla más antigua data de 1824, pero con los colores colocados en diagonal, que luego fueron dispuestos en dos bandas verticales por Pío IX, quien, tras regresar de su exilio en Gaeta, hizo que se le añadiera el escudo papal en lugar de los lazos tricolores (blanco, rojo y verde) que se habían colocado en 1848. Sólo tras los Pactos de Letrán entre la Santa Sede e Italia, el 11 de febrero de 1929, la bandera papal adoptó su forma actual, al ser considerada también bandera de un Estado extranjero y, por tanto, protegida del mismo modo que todas las demás (art. 299 del Código Penal italiano). La bandera moderna se izó por primera vez el 8 de junio de 1929.

Hay que tener cuidado de no confundir la bandera papal con el Estandarte de la Santa Iglesia Romana, símbolo de su soberanía espiritual sobre todo el mundo. El Estandarte de la Santa Iglesia Romana consistía en un paño rojo, en cuya parte inferior se encontraba inicialmente la imagen de San Pedro, a veces acompañada por la de San Pablo, imágenes que fueron sustituidas posteriormente por el emblema de las llaves en decúbito coronadas por una cruz blanca por orden de Inocencio III (1198-1216), quien también explicó en uno de sus escritos la razón que le había llevado a tal cambio. Bajo el pontificado de Bonifacio VIII (1294-1303), el Estandarte de la Santa Iglesia Romana adoptó la forma que siempre ha mantenido, es decir, un paño de seda bermellón, cuyo fondo estaba simétricamente salpicado de numerosas estrellas de seis puntas bordadas en oro y que llevaba en el centro las simbólicas llaves cruzadas, rematado, sin embargo, por el conopeus o sinnicchio (pabellón); Terminado como un banderín en dos puntas, cada una adornada con una cinta dorada, el paño estaba unido a una larga asta dorada, ahuecada en la zona del asa y rematada con una pequeña lanza metálica, de la que colgaban cordones con borlas doradas.  El Estandarte de la Santa Iglesia Romana no sólo seguía al Pontífice cuando viajaba, o le acompañaba en las grandes solemnidades religiosas y civiles (procesión del Corpus Christi, posesiones papales, cabalgatas solemnes, etc.), sino que también era desplegado por las tropas en combate, presente por ejemplo en las Cruzadas como en Lepanto.

Las dos pinturas en mosaico situadas a ambos lados de la pila del reconstruido Triclinio Leoniano (1743) conservan la representación más antigua del Estandarte; Reproducen fielmente los mosaicos originales de los siglos VIII-IX, en el de la izquierda “Jesucristo entregando las llaves al Papa San Silvestre y el Estandarte a Constantino”, en el de la derecha “San Pedro entregando el palio a León III y el Estandarte a Carlomagno”; también hay varias pinturas en las que se ve el Estandarte elevado junto al trono pontificio.

La custodia del Estandarte de la Santa Iglesia Romana se confiaba, tanto en tiempos de paz como en tiempos de guerra, a una persona de alto rango, que por ello asumía el nombre y el cargo de “Vessillifero di Santa Romana Chiesa” (Portaestandarte de la Santa Romana Iglesia), también llamado “Gonfaloniere della Chiesa” (confaloniero de la Iglesia). Y prueba de lo honorable que era este cargo, quizá el más alto que los Papas podían conceder a un laico, es el hecho de que fue desempeñado más de una vez por soberanos, como Jaime II el Justo (1264-1327), rey de Cerdeña y Córcega, que lo recibió de Bonifacio VIII; Ladislao el Magnánimo (1376-1414), rey de Nápoles y Sicilia y rey de Hungría, que lo recibió de Inocencio VII. Otros ilustres titulares de este alto cargo son Ludovico, Delfín de Francia, a quien se lo concedió Eugenio IV (1431-47); Francesco Gonzaga, Duque de Mantua, a quien se lo confirió Julio II a principios del siglo XVI; Odoardo Farnese, quinto duque de Parma y Piacenza, que lo recibió de Gregorio XV (1621-23), mientras que Urbano VIII (1623-44) lo invistió con su propio hermano Carlo Barberini, y tras la muerte de éste en 1630 Torquato Conti duque de Guadagnolo. Conferido por Inocencio XI (1676-89) al marqués Giovanni Battista Naro con derecho de sucesión futura a todos los primogénitos de la familia, el cargo pasó finalmente de forma hereditaria a los Patrizi Montoro, tras la extinción en su familia de los Naro, cuyo linaje añadieron también al suyo.

Confirmando la importancia de la dignidad del Portaestandarte de la Santa Iglesia Romana, Clemente XI (1700-21) decretó, al inicio de su pontificado, que el titular de la dignidad fuera escoltado en los paseos solemnes por los dos Capitanes de la Caballería, respondiendo a la protesta planteada por estos últimos de que haciendo así se trataba de honrar al Estandarte de la Santa Iglesia Romana y no al portador. Cuando en 1801 Pío VII, sustituyendo a la disuelta Caballería, instituyó el nuevo Cuerpo de la Guardia Noble Papal, el Portador del Estandarte se incorporó al mismo como Capitán con el grado de Teniente General, ocupando su lugar en las cabalgatas, según la tradición, entre los dos Capitanes de la misma Guardia. El último testimonio papal de benevolencia hacia el Portaestandarte de la Santa Romana Iglesia fue el de Pío IX, que ordenó que el titular de este cargo, que lleva una insignia especial con la palabra Vexillifer, que lleva al cuello como condecoración, se contara siempre entre los Servidores Secretos.

La bandiera pontificia o della Città del Vaticano è costituita da un drappo bipartito di giallo (verso l’asta) e di bianco, caricato questo al centro dalle Chiavi decussate, sormontate dal Triregno; l’asta è cimata di lancia ornata di coccarda degli stessi colori della bandiera e frangiata d’oro.
Anticamente la bandiera dello Stato pontificio era giallorossa (o per meglio dire amaranto e giallo, colori derivati dai colori dello stemma della Santa Sede), i due colori tradizionali del Senato e del Popolo romano, che vennero tuttavia sostituiti con il bianco e il giallo nel 1808, allorché Pio VII ordinò alla sua Guardia Nobile e agli altri Corpi armati pontifici rimasti fedeli di adottare una nuova coccarda con i suddetti colori per distinguerli dalle restanti truppe incorporate nell’esercito francese ed a cui il generale Sestio A. F. Miollis aveva concesso di continuare ad usare la loro vecchia coccarda.
Inalberata per la prima volta dalla Marina mercantile, al 1824 risale comunque la più antica bandiera pontificia biancogialla, ma con i colori posti diagonalmente, fatti poi disporre in due bande verticali da Pio IX il quale, dopo il ritorno dall’esilio di Gaeta vi fece aggiungere lo stemma papale al posto delle cravatte tricolori (bianco, rosso e verde) fattevi apporre nel 1848. Fu solo in seguito al Trattato del Laterano tra la Santa Sede e l’ltalia dell’11 febbraio 1929 che la bandiera pontificia assunse la forma attuale, venendo altresì considerata bandiera di uno Stato estero e pertanto tutelata alla stregua di tutte le altre (art. 299 del Codice penale italiano). La bandiera moderna è stata innalzata per la prima volta l'8 giugno 1929.
Si badi a non confondere la bandiera pontificia con il Vessillo di Santa Romana Chiesa, simbolo della sua sovranità spirituale su tutto il mondo. Il Vessillo di S.R.C. era costituito da un drappo rosso, sul cui fondo campeggiava inizialmente l’immagine di san Pietro, accompagnata talora da quella di san Paolo, immagini che vennero poi sostituite con l’emblema delle chiavi decussate sormontate da una croce bianca per disposizione di Innocenzo III (1198-1216), che diede anche spiegazione in un suo scritto del motivo che lo aveva indotto a tale cambiamento. Sotto il pontificato di Bonifacio VIII (1294-1303) il Vessillo di S.R.C. assunse la forma che ha poi sempre mantenuto, ossia di un drappo di seta vermiglia, il cui fondo era cosparso simmetricamente di numerose stelle a sei punte ricamate in oro e recante al centro le simboliche chiavi incrociate, sormontate però dal conopeo o sinnicchio (padiglione); terminante come un gagliardetto in due punte, ciascuna delle quali ornata da un fiocco d’oro, il drappo era attaccato ad una lunga asta dorata, incavata al posto dell’impugnatura e cimata di una piccola lancia metallica, da cui pendevano cordoni a fiocco d’oro. Il Vessillo di S.R.C. seguiva non solo il Pontefice quando era in viaggio, o lo accompagnava nelle maggiori solennità religiose e civili (processione del Corpus Domini, possessi papali, cavalcate solenni ecc.), ma veniva spiegato anche dalle truppe in combattimento, presente per esempio alle crociate come a Lepanto.
Nei due quadri musivi posti ai lati del catino del ricostruito Triclinio Leoniano (1743) ci è stata conservata la più antica rappresentazione del Vessillo; essi riproducono fedelmente i mosaici originali dell’VIII-IX secolo, potendosi ammirare in quello di sinistra "Gesù Cristo che dà le chiavi a papa san Silvestro e il Vessillo a Costantino", in quello di destra "San Pietro che dà il pallio a Leone III e il Vessillo a Carlo Magno"; esistono anche diverse pitture in cui è possibile vedere il Vessillo innalzato accanto al trono pontificio.
La custodia del Vessillo di S.R.C. era affidata, tanto in tempo di pace che in tempo di guerra, ad un personaggio di alto rango, che assumeva pertanto la denominazione e la carica di "Vessillifero di Santa Romana Chiesa", detto anche Gonfaloniere della Chiesa. Ed a provare quanto mai onorifica fosse tale carica, forse la più elevata che i papi potessero accordare ad un laico, sta il fatto che più di una volta essa fu rivestita da sovrani, quali furono per l’appunto Giacomo II il Giusto (1264-1327), re di Sardegna e Corsica che l’ebbe da Bonifacio VIII; Ladislao il Magnanimo (1376-1414), re di Napoli e di Sicilia e re di Ungheria, a cui venne concessa da Innocenzo VII. Tra i tanti altri illustri titolari di tale alta carica ricordiamo ancora Ludovico, delfino di Francia, che ne fu insignito da Eugenio IV (1431-47); Francesco Gonzaga, duca di Mantova, al quale la conferì Giulio II a principio del Cinquecento; Odoardo Farnese, quinto duca di Parma e Piacenza, che la ricevette da Gregorio XV (1621-23), mentre Urbano VIII (1623-44) ne investì il proprio fratello Carlo Barberini, e dopo la morte di questi nel 1630 Torquato Conti duca di Guadagnolo. Conferita da Innocenzo XI (1676-89) al marchese Giovanni Battista Naro con diritto di futura successione a tutti i primogeniti della famiglia, la carica passò infine ereditariamente ai Patrizi Montoro, in seguito all’estinzione nella loro famiglia dei Naro, il cui casato aggiunsero altresì al proprio.
A conferma dell’importanza della dignità di Vessillifero di S.R.C. Clemente XI (1700-21) dispose, all’inizio del suo pontificato, che il titolare di detta dovesse essere scortato nelle solenni cavalcate dai due Capitani dei Cavalleggeri, rispondendo alla protesta sollevata al riguardo da costoro che così facendo intendevasi onorare il Vessillo di S.R.C. e non già chi lo portava. Quando nel 1801 Pio VII, in sostituzione dei disciolti Cavalleggeri, istituì il nuovo Corpo della Guardia Nobile Pontificia, il Vessillifero entrò a farne parte come Capitano con il grado di Tenente Generale, prendendo posto nelle cavalcate, secondo la tradizione, tra i due Capitani della medesima Guardia. Ultimo attestato pontificio di benevolenza nei confronti del Vessillifero di S.R.C. è stato quello di Pio IX, il quale dispose che il titolare di tale carica, che si fregia di uno speciale distintivo su cui spicca la parola Vexillifer, che porta al collo a mo’ di decorazione, fosse sempre annoverato tra i Camerieri segreti.