El término Vaticanus identificaba en la antigüedad la zona pantanosa de la orilla derecha del Tíber entre el Ponte Milvio y el actual Ponte Sisto.

Durante la época real y a lo largo de la edad republicana, el territorio se conocía como Ager Vaticanus y se extendía hacia el norte hasta la desembocadura del Cremera, hacia el sur al menos hasta el Janículo. En la época imperial, a partir del siglo II d.C., se atestigua el topónimo Vaticanum, que incluía un área aproximadamente correspondiente a la del actual Estado de la Ciudad del Vaticano. En época romana, la zona, fuera de la ciudad de Roma, fue recuperada y ocupada por villas, los jardines de Agripina -madre del emperador Calígula (37-41 d.C.)- y vastas necrópolis dispuestas a lo largo de las principales arterias. En los jardines de su madre, Calígula construyó un pequeño circo para el entrenamiento de aurigas (Gaianum), posteriormente renovado por Nerón (54-68 d.C.), en el que, según la tradición, Pedro sufrió el martirio en la gran persecución contra los cristianos ordenada por Nerón en el año 64 d.C.

A lo largo de la Via Trionfale, que conduce hacia el norte desde la plaza de San Pedro en dirección a Monte Mario, se han excavado varios núcleos de tumbas, mientras que en la Via Cornelia, que en cambio se dirige hacia el oeste, se levantaba la Necrópolis donde también se encuentra la tumba del apóstol Pedro. La presencia de Pedro estableció el fulcro topográfico de la zona, meta, desde entonces y durante dos milenios enteros, de la más significativa de las peregrinaciones cristianas: muchos creyentes, impulsados por el deseo de permanecer cerca de San Pedro, buscaban junto a él su propio lugar de enterramiento. La Necrópolis fue enterrada durante la construcción de la basílica dedicada al Apóstol, ordenada por el emperador Constantino (306-337 d.C.), que determinó todo el desarrollo posterior de la zona. Tras liberalizar el culto de la religión cristiana con el famoso Edicto de Milán en 313 d.C., el emperador Constantino inició hacia el 324 la construcción de una gran iglesia de cinco naves, crucero y ábside terminal, en cuyo centro se encontraba la tumba de Pedro. Una escalinata y un cuadripórtico, en el que debían detenerse los no bautizados, completaban el conjunto. Mientras tanto, el circo de Nerón se iba deteriorando poco a poco, también porque muchas de sus piedras se utilizaron para la construcción de la nueva iglesia, que, en poco tiempo, se convirtió en una nueva atracción para la ciudad. Y fue precisamente para proteger la memoria de Pedro que, pocos años después, León IV (847-855) construiría los primeros muros de la civitas que tomaría de él el nombre de «Leoniana» y formaría el núcleo espiritual de la nueva Roma medieval y renacentista. Aunque los Papas residían en el Palacio de Letrán, en la Edad Media se construyeron varios edificios en los alrededores de San Pedro. En particular, bajo Eugenio III (1145-1153) e Inocencio III (1198-1216) se construyó el primer palacio, posteriormente ampliado entre finales del 1200 y principios del 1300, y se renovaron las murallas leoninas. Pero a partir de 1309 la sede papal se trasladó a Aviñón; Roma y la basílica de San Pedro permanecieron abandonadas durante más de un siglo. Desde 1377, año del regreso del papado a Roma, tuvieron que pasar unos 50 años para que la ciudad recuperara su esplendor. A mediados del siglo XIV, se abordó por primera vez el problema de la eventual reconstrucción completa de San Pedro.

El papa Nicolás V (1447-1455) encargó al arquitecto Bernardo Rossellino un proyecto de ampliación de la basílica, con un nuevo ábside que sobresalía del ábside constantiniano: sólo se inició porque, pocos años después, el avance de los turcos y la caída de Constantinopla obligaron a abandonar las obras. Entre 1477 y 1480, el papa Sixto IV (1471-1484) inició la construcción de una gran capilla, a la que llamó Capilla Sixtina: decorada con frescos de los mejores pintores italianos de la época, fue inaugurada el 15 de agosto de 1483. Julio II (1503-1513) llevó a cabo grandes cambios y transformó radicalmente la ciudadela: inició la demolición de la basílica constantiniana, comenzó las obras del nuevo San Pedro y construyó el famoso Cortile del Belvedere para conectar el palacio del Belvedere de su predecesor Inocencio VIII (1484-1492), al norte, con el núcleo de edificios medievales, al sur; también llamó a Roma a Rafael y Miguel Ángel para que pintaran al fresco los pisos papales y la Capilla Sixtina, respectivamente. En el mismo siglo se llevaron a cabo otras obras: la basílica de San Pedro, que tras diversas vicisitudes fue diseñada y comenzada en el núcleo por Miguel Ángel a mediados del siglo XVI, fue cubierta con una grandiosa cúpula «abovedada» por Giacomo Della Porta. La iglesia fue luego ampliada por Maderno a principios del siglo XVII con la adición de dos crujías en el brazo longitudinal, y completada por Bernini, a mediados del siglo XVII, con la grandiosa plaza bordeada por dos hemiciclos de filas cuádruples de columnas que le dieron su actual aspecto barroco, uniendo este lugar de oración con el resto de la ciudad.

Con una superficie de apenas 44 hectáreas, el Estado de la Ciudad del Vaticano es el Estado independiente más pequeño del mundo, tanto en términos de población como de extensión territorial. Sus fronteras están delimitadas por las murallas y, en la plaza de San Pedro, por la franja de travertino que une las dos alas de la columnata. Además del territorio propiamente dicho del Estado, la jurisdicción vaticana se extiende también en cierto sentido sobre determinadas zonas dentro y fuera de Roma, que gozan del derecho de «extraterritorialidad».

El Estado de la Ciudad del Vaticano nació con el Tratado de Letrán, firmado el 11 de febrero de 1929 entre la Santa Sede e Italia, que sancionó su personalidad como entidad soberana de derecho internacional público, instituida para asegurar a la Santa Sede, en su calidad de institución suprema de la Iglesia católica, «una independencia absoluta y visible y para garantizarle una soberanía indiscutible incluso en el ámbito internacional», según se afirma en el preámbulo del citado Tratado.

La Iglesia católica lleva a cabo su misión evangélica tanto a través de las diversas Iglesias particulares y locales, como de su gobierno central, constituido por el Sumo Pontífice y los Organismos que le asisten en el ejercicio de sus responsabilidades para con la Iglesia universal (Santa Sede).

La forma de gobierno es la monarquía absoluta. El Jefe del Estado es el Sumo Pontífice, que tiene plenos poderes legislativo, ejecutivo y judicial. Estos poderes, durante la Sede vacante, se delegan en el Colegio Cardenalicio. El poder legislativo, además del Sumo Pontífice, lo ejerce en su nombre una Comisión formada por un Cardenal Presidente y otros Cardenales y otros miembros, nombrados por un mandato de cinco años. El poder ejecutivo se delega en el Presidente de la Comisión que, como tal, toma el nombre de Presidente del Governatorato y es asistido por el Secretario General y el Vicesecretario General. De él dependen las direcciones y oficinas centrales en las que se organiza la Gobernación, es decir, el conjunto de órganos a través de los cuales se ejerce este poder. El poder judicial es ejercido, en nombre del Sumo Pontífice, por los órganos constituidos según el sistema judicial del Estado.

El Estado de la Ciudad del Vaticano tiene bandera propia que se distingue por dos campos divididos verticalmente, uno amarillo, adherido al báculo, y otro blanco en el que aparece la tiara papal con las llaves decusadas. Acuña su propia moneda, que actualmente es el euro, y emite sus propios sellos postales. En el Vaticano se publica un diario, L'Osservatore Romano, fundado en 1861, y desde 1931 existe una emisora de radio, Radio Vaticano, que emite a todo el mundo en varios idiomas.

Las necesidades de seguridad del Papa y del Estado son atendidas por el Cuerpo de la Guardia Suiza, fundado en 1506, cuyos miembros visten un uniforme que, según la tradición, fue diseñado por Miguel Ángel, y el Cuerpo de la Gendarmería Pontificia, que se encarga de todos los servicios policiales y de seguridad del Estado.