La Secretaría General depende directamente del Secretario General y de los órganos de gobierno, según sus respectivas competencias.

La Secretaría General comprende:

El Protocolo General y el Archivo Central

El Protocolo General y el Archivo Central se ocupan del protocolo general y del sistema archivístico de los Órganos de Gobierno y de la Gobernación. El Archivo Central también conserva los Archivos Históricos de la Gobernación y se ocupa del catálogo de la documentación relativa a cada uno de los Órganos.

La Unidad de Control e Inspección

La Unidad de Control e Inspección vigila el cumplimiento de los reglamentos y procedimientos, verifica su aplicación y evalúa la eficacia de las actividades de los Organismos. La Unidad de Control e Inspección informa a los Órganos Rectores y formula las propuestas oportunas. Coopera en las relaciones con los Órganos de Control e Inspección fuera de la Gobernación, aplicando las directrices recibidas de los Órganos de Gobierno.

La Unidad de Coordinación de eventos

En aplicación de las directrices recibidas, la Unidad de Coordinación de Eventos organiza eventos, también en colaboración con otros organismos y entidades.

Los órganos de gobierno pueden asignar otras tareas a la Secretaría General, incluso por periodos de tiempo determinados.